Virtual Laboratory Wiki
Advertisement
Rosetta@home
Цели

Rosetta@home - это научно-исследовательский проект, который задействует подключенные к Интернету компьютеры обычных пользователей для создания и предсказания поведения белковых структур, а также взаимодействий "белок-белок" и "белок-лиганда". Цель - создать методы, с помощью которых можно было бы с высокой точностью заниматься предсказанием и дизайном белковых комплексов и структур. Наличие подобных методов сможет помочь исследователям разрабатывать лекарства для различных болезней.

Своим названием проект обязан лежащему в основе его клиентского ПО модулю Rosetta, который был изначально создан для предсказания трёхмерной структуры белка из его аминокислотной последовательности. Со временем, в Rosetta появились функции дизайна и предсказания белковых комплексов. Ядро Rosetta - физическая модель макромолекулярных взаимодействий и алгоритмов поиска структуры с наименьшей энергией для заданной аминокислотной последовательности (при предсказании структуры белка), комлекса белок-белок (при расчёте стыковки белков), а также поиска аминокислотной последовательности с наименьшей энергией для заданной белковой структуры или комлекса белок-белок (при дизайне белков). Авторы проекта надеются продолжить постепенно улучшать используемые в Rosetta физическую модель и алгоритмы поиска. А помочь им в этом должны результаты проекта Rosetta@home.

Авторы

Проект проводится [доктора Дэвида Бэйкера], которая является частью [биохимии] [Вашингтона].

Результаты

На сайте лаборатории находится много информации о текущих исследованиях и планах на будущее, а также список всех научных публикаций, для большинства из которых на сайте доступен и их полный текст в формате PDF. Наиболее важные, по мнению группы, результаты их работы выделены в отдельный список.

Доступно несколько видеороликов с результатами выполненных моделирований белков.

Кроме того, участников, чьи компьютеры в процессе моделирования ближе всего подобрались к реально известным о моделируемом объекте данным, чествуют на странице "Top predictions". Обещается, что данные участники "имеют шанс быть упомянутыми в научных публикациях".

Клиент

Клиент данного проекта работает на распределённой платформе BOINC. Благодаря этому, [регистрации и присоединения] схож с другими проектами на этой платформе.

По [первых участников], неприятными особенностями данного проекта являются довольно большой объём скачиваемых при первом сеансе связи с сервером данных (около 17-ти мегабайт), а также довольно заметные требования к объёму свободной оперативной памяти: во время работы, клиент занимает около 150-ти мегабайт ОЗУ (объём используемой оперативной памяти варьируется от 120 до 200 МБ).

Ссылки

Эта страница использует содержимое оригинальной статьи, которая находится на сайте distributed.ru на условиях GNU FDL.


Advertisement