Virtual Laboratory Wiki
Advertisement
   LOCUS       NC_008563            5082025 bp    DNA     circular BCT 09-APR-2007
   DEFINITION  Escherichia coli APEC O1, complete genome.
   ACCESSION   NC_008563
   VERSION     NC_008563.1  GI:117622295
   KEYWORDS    .
   SOURCE      Escherichia coli APEC O1
     ORGANISM  Escherichia coli APEC O1
               Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales;
               Enterobacteriaceae; Escherichia.
   REFERENCE   1  (bases 1 to 5082025)
     AUTHORS   Johnson,T.J., Kariyawasam,S., Wannemuehler,Y., Mangiamele,P.,
               Johnson,S.J., Doetkott,C., Skyberg,J.A., Lynne,A.M., Johnson,J.R.
               and Nolan,L.K.
     TITLE     The Genome Sequence of Avian Pathogenic Escherichia coli Strain
               O1:K1:H7 Shares Strong Similarities with Human Extraintestinal
               Pathogenic E. coli Genomes
     JOURNAL   J. Bacteriol. 189 (8), 3228-3236 (2007)
      PUBMED   17293413
   REFERENCE   2  (bases 1 to 5082025)
     CONSRTM   NCBI Genome Project
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (08-NOV-2006) National Center for Biotechnology
               Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA
   REFERENCE   3  (bases 1 to 5082025)
     AUTHORS   Johnson,T.J. and Nolan,L.K.
     TITLE     Direct Submission
     JOURNAL   Submitted (14-SEP-2006) Veterinary Microbiology and Preventive
               Medicine, Iowa State University, 1802 Elwood Drive, VMRI 2, Ames,
               IA 50011, USA
   COMMENT     PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final
               NCBI review. The reference sequence was derived from CP000468.
               Growth conditions for DNA isolation: 37C, 12 hr, LB broth. Strain
               available upon request from authors Lisa Nolan or Tim Johnson,
               email to: timjohns@iastate.edu.
               COMPLETENESS: full length.


Расположение РНК

в таблице нехватает 3 копий Ala tRNAGCA (коррекцию см. Ala tRNA)

в таблице нехватает 2 копий Ala tRNAGCC (коррекцию см. Ala tRNA)

в таблице нехватает 2 копий Met tRNAATG

+ в таблице нехватает 4 копий Met tRNAATG

+ в таблице нехватает 1 копий Met tRNAATG

Начало Конец Направление Длина PID Ген COG Комментарий
81625 81712 + 88 117622295 APECO1_5001 - 15 Leu tRNA
81741 81827 + 87 117622295 APECO1_5002 - 15 Leu tRNA
81862 81948 + 87 117622295 APECO1_5003 - 15 Leu tRNA
168882 168966 - 85 117622295 APECO1_5004 - 15 Leu tRNA
228500 230053 + 1554 117622295 APECO1_r01 - 16S ribosomal RNA
230474 233387 + 2914 117622295 APECO1_r02 - 23S ribosomal RNA
233482 233605 + 124 117622295 APECO1_r03 - 5S ribosomal RNA
281831 281906 - 76 117622295 APECO1_5005 - 01 Gly tRNA
281942 282017 - 76 117622295 APECO1_5006 - 01 Gly tRNA
282054 282129 - 76 117622295 APECO1_5007 - 01 Gly tRNA
311563 311638 + 76 117622295 APECO1_5008 - 17 Phe tRNA
551657 551732 - 76 117622295 APECO1_5009 - 04 Glu tRNA
584616 584691 - 76 117622295 APECO1_5010 - 12 Thr tRNA
584698 584772 - 75 117622295 APECO1_5011 - 01 Gly tRNA
584889 584973 - 85 117622295 APECO1_5012 - 18 Tyr tRNA
584982 585057 - 76 117622295 APECO1_5013 - 12 Thr tRNA
591850 591925 - 76 117622295 APECO1_5014 - 04 Glu tRNA
726358 726433 - 76 117622295 APECO1_5015 - 02 Ala tRNA
726476 726552 - 77 117622295 APECO1_5016 - 14 Ile tRNA
806436 806512 - 77 117622295 APECO1_5017 - 03 Pro tRNA
806555 806641 - 87 117622295 APECO1_5018 - 15 Leu tRNA
806662 806737 - 76 117622295 APECO1_5019 - 09 His tRNA
806796 806872 - 77 117622295 APECO1_5020 - 11 Arg tRNA
841341 841416 - 76 117622295 APECO1_5021 - 20 Trp tRNA
841425 841501 - 77 117622295 APECO1_5022 - 06 Asp tRNA
844863 844938 - 76 117622295 APECO1_5023 - 04 Glu tRNA
944853 944940 + 88 117622295 APECO1_5024 - Sec tRNA
1069456 1069532 + 77 117622295 APECO1_5025 - 03 Pro tRNA
1360332 1360408 + 77 117622295 APECO1_5026 - 14 Ile tRNA
1360451 1360526 + 76 117622295 APECO1_5027 - 02 Ala tRNA
1363843 1363918 + 76 117622295 APECO1_5028 - 12 Thr tRNA
1463313 1463399 + 87 117622295 APECO1_5029 - 15 Leu tRNA
1467177 1467253 + 77 117622295 APECO1_5030 - 16 Met tRNA
1561812 1561887 - 76 117622295 APECO1_5031 - 16 Met tRNA
1773109 1773184 - 76 117622295 APECO1_5032 - 17 Phe tRNA
1883202 1883275 + 74 117622295 APECO1_5033 - 01 Gly tRNA
1961668 1961744 - 77 117622295 APECO1_5034 - 16 Met tRNA
1961778 1961854 - 77 117622295 APECO1_5035 - 16 Met tRNA
1961888 1961964 - 77 117622295 APECO1_5036 - 16 Met tRNA
2085998 2086090 + 93 117622295 APECO1_5037 - 08 Ser tRNA
2086094 2086170 + 77 117622295 APECO1_5038 - 11 Arg tRNA
2086235 2086311 + 77 117622295 APECO1_5039 - 11 Arg tRNA
2086375 2086451 + 77 117622295 APECO1_5040 - 11 Arg tRNA
2086515 2086591 + 77 117622295 APECO1_5041 - 11 Arg tRNA
2189439 2189515 + 77 117622295 APECO1_5042 - 14 Ile tRNA
2189558 2189633 + 76 117622295 APECO1_5043 - 02 Ala tRNA
2318714 2318790 - 77 117622295 APECO1_5044 - 11 Arg tRNA
2429213 2429288 - 76 117622295 APECO1_5045 - 10 Lys tRNA
2429293 2429368 - 76 117622295 APECO1_5046 - 13 Val tRNA
2429415 2429490 - 76 117622295 APECO1_5047 - 13 Val tRNA
2429535 2429610 - 76 117622295 APECO1_5048 - 13 Val tRNA
2432309 2432384 + 76 117622295 APECO1_5049 - 02 Ala tRNA
2432424 2432499 + 76 117622295 APECO1_5050 - 02 Ala tRNA
2512937 2513011 - 75 117622295 APECO1_5051 - 11 Arg tRNA
2683971 2684047 - 77 117622295 APECO1_5052 - 03 Pro tRNA
2885264 2885387 - 124 117622295 APECO1_r04 - 5S ribosomal RNA
2885478 2888384 - 2907 117622295 APECO1_r05 - 23S ribosomal RNA
2888826 2890383 - 1558 117622295 APECO1_r06 - 16S ribosomal RNA
2943442 2943517 - 76 117622295 APECO1_5053 - 07 Asn tRNA
2945851 2945926 - 76 117622295 APECO1_5054 - 07 Asn tRNA
2947678 2947753 + 76 117622295 APECO1_5055 - 07 Asn tRNA
2987569 2987644 - 76 117622295 APECO1_5056 - 07 Asn tRNA
2988636 2988725 + 90 117622295 APECO1_5057 - 08 Ser tRNA
3003287 3003362 + 76 117622295 APECO1_5058 - 16 Met tRNA
3003364 3003440 + 77 117622295 APECO1_5059 - 10 Lys tRNA
3003443 3003518 + 76 117622295 APECO1_5060 - 12 Thr tRNA
3003522 3003596 + 75 117622295 APECO1_5061 - 01 Gly tRNA
3081111 3081186 + 76 117622295 APECO1_5062 - 01 Gly tRNA
3081327 3081413 + 87 117622295 APECO1_5064 - 15 Leu tRNA
3314623 3314699 - 77 117622295 APECO1_5065 - 13 Val tRNA
3314704 3314780 - 77 117622295 APECO1_5066 - 13 Val tRNA
3594780 3594854 - 75 117622295 APECO1_5067 - 01 Gly tRNA
3594858 3594933 - 76 117622295 APECO1_5068 - 12 Thr tRNA
3714123 3714245 - 123 117622295 APECO1_r07 - 5S ribosomal RNA
3714368 3714491 - 124 117622295 APECO1_r08 - 5S ribosomal RNA
3714583 3717491 - 2909 117622295 APECO1_r09 - 23S ribosomal RNA
3717926 3719479 - 1554 117622295 APECO1_r10 - 16S ribosomal RNA
3734928 3735004 - 77 117622295 APECO1_5069 - 11 Arg tRNA
3735102 3735177 - 76 117622295 APECO1_5070 - 16 Met tRNA
3777257 3777341 + 85 117622295 APECO1_5071 - 18 Tyr tRNA
3777375 3777459 + 85 117622295 APECO1_5072 - 18 Tyr tRNA
3998194 3998281 + 88 117622295 APECO1_5073 - 08 Ser tRNA
4050200 4050287 + 88 117622295 APECO1_5074 - 08 Ser tRNA
4184849 4184936 + 88 117622295 APECO1_5075 - 08 Ser tRNA
4235473 4237026 + 1554 117622295 APECO1_r11 - 16S ribosomal RNA
4237369 4240274 + 2906 117622295 APECO1_r12 - 23S ribosomal RNA
4240365 4240488 + 124 117622295 APECO1_r13 - 5S ribosomal RNA
4335453 4335528 - 76 117622295 APECO1_5076 - 10 Lys tRNA
4335562 4335637 - 76 117622295 APECO1_5077 - 10 Lys tRNA
4335686 4335761 - 76 117622295 APECO1_5078 - 10 Lys tRNA
4335765 4335840 - 76 117622295 APECO1_5079 - 13 Val tRNA
4335892 4335967 - 76 117622295 APECO1_5080 - 10 Lys tRNA
4335970 4336045 - 76 117622295 APECO1_5081 - 13 Val tRNA
4336081 4336156 - 76 117622295 APECO1_5082 - 10 Lys tRNA
4353875 4355429 + 1555 117622295 APECO1_r14 - 16S ribosomal RNA
4355855 4358763 + 2909 117622295 APECO1_r15 - 23S ribosomal RNA
4358854 4358977 + 124 117622295 APECO1_r16 - 5S ribosomal RNA
4408517 4408593 + 77 117622295 APECO1_5083 - 16 Met tRNA
4408604 4408688 + 85 117622295 APECO1_5084 - 15 Leu tRNA
4408712 4408786 + 75 117622295 APECO1_5085 - 05 Gln tRNA
4408821 4408895 + 75 117622295 APECO1_5086 - 05 Gln tRNA
4408911 4408987 + 77 117622295 APECO1_5087 - 16 Met tRNA
4409036 4409110 + 75 117622295 APECO1_5088 - 05 Gln tRNA
4409148 4409222 + 75 117622295 APECO1_5089 - 05 Gln tRNA
4488381 4489946 + 1566 117622295 APECO1_r17 - 16S ribosomal RNA
4490375 4493292 + 2918 117622295 APECO1_r18 - 23S ribosomal RNA
4493383 4493506 + 124 117622295 APECO1_r19 - 5S ribosomal RNA
4511322 4511398 - 77 117622295 APECO1_5090 - 11 Arg tRNA
4528665 4530212 + 1548 117622295 APECO1_r20 - 16S ribosomal RNA
4530563 4533475 + 2913 117622295 APECO1_r21 - 23S ribosomal RNA
4533566 4533689 + 124 117622295 APECO1_r22 - 5S ribosomal RNA
4786906 4786981 - 76 117622295 APECO1_5091 - 12 Thr tRNA
4840072 4840148 - 77 117622295 APECO1_5092 - 06 Asp tRNA
4848295 4848371 - 77 117622295 APECO1_5093 - 06 Asp tRNA
4851736 4851810 - 75 117622295 APECO1_5094 - 02 Ala tRNA
4851823 4851899 - 77 117622295 APECO1_5095 - 04 Glu tRNA
Advertisement