Virtual Laboratory Wiki
Advertisement

Молекулярное моделирование - область исследований, которая привлекает теоретические и вычислительные методы для моделирования или имитации поведения молекул, причём молекул в самом широком смысле — состоящих от нескольких атомов и до «гигантских» биологических цепочек.

Программы для Молекулярной визуализации[]

ACD/ChemSketch - программный пакет для молекулярной визуализации

ArgusLab - свободно лицензируемый программный пакет для молекулярного моделирования, графики и дизайна молекул

Chime (MDL Chime) - программа для 3D молекулярной визуализации (авторы - Tim Maffett и Bryan van Vliet) (командный процессор и графический движок взяты из опубликованных открыто исходников программы RasMol)

Chimera (University of California, computer graphics lab) - мощная программа молекулярной визуализации и анализа системы

Cn3D - программное приложение для браузера для визуализации трехмерных структур баз данных NCBI

DeepView - Swiss PDB Viewer - программа молекулярной визуализации белковых структур с элементами моделирования

MidasPlus (Molecular Interactive Display and Simulation) (University of California, computer graphics lab) - программный пакет для молекулярной визуализации, в настоящее время разработчиками не поддерживается, его заменила программа Chimera

MOLMOL - MOLecule analysis and MOLecular display (Цюрихского института молекулярной биологии и биофизики) - одна из программ молекулярной визуализации

Molekel Molecular Visualization Package (CSCS- Swiss National Supercomputing Centre) - интерактивная 3D-графика для визуализации выходных молекулярных и электронных структурных данных программ Gaussian, Gamess US, ADF, Zindo, Mos, Hondo, PRDDO и других

Protein Explorer FrontDoor - программа для визуализации пространственных структур макромолекул белков, ДНК, РНК, а также их взаимодействий и связываний с лигандами, ингибиторами и лекарственными препаратами. Атлас макромолекул для Protein Explorer

PyMOL - (PyMOL Molecular Graphics System) - Python`овская молекулярно графическая програма, позволяет 3D визуализировать белки, небольшие молекулы, молекулярные поверхности и траектории

RasMol - свободнодоступная программа молекулярной визуализации (Roger Sayle, University of Massachusetts, Amherst MA USA). Программа представлена также на ресурсах RasMol.org и OpenRasMol.org

RasTop - практически та же программа RasMol, но с несколько более дружественным пользовательским интерфейсом и расширенными возможностями

SCHAKAL (автор - E. Keller, Кристаллографический институт, Германия) - программа (fortran) графической визуализации молекулярных твердотельных структурных моделей

VEGA ZZ (DDL - Drug Design Lab - Milan University) - программный пакет для молекулярного моделирования и визуализации, продолжение развития проекта VEGA OpenGL

VIDA (OpenEye Scientific Software) - программа визуализации больших наборов данных

VMD (Theoretical and Computational Biophysics Group, University of Illinois) - одна из лучших программ для молекулярной визуализации

UGENE - визуальная среда анализа генетической информации. Одна из возможностей UGENE - визуализация трехмерной структуры белковых и ДНК-последовательностей.


MolviZ - каталог ресурсов по молекулярной визуализации (Eric Martz, University of Massachusetts, Amherst MA USA)


NAMD - Симулятор молекулярной динамики (Molecular Dynamics Simulator). Параллельная объектно-ориентированная библиотека для расчетов в области молекулярной динамики. Реализована на С++ с использованием шаблонов, а также Charm++ и Converse. Распространяется бесплатно. Доступны исходные тексты, а также откомпилированные двоичные файлы

См. также[]

Ссылки[]

Advertisement